Barcoding vs. Shotgun: ¿qué análisis es mejor para tu estudio metagenómico?

La elección entre metabarcoding (Barcoding) y Metagenómica Shotgun es una de las decisiones más importantes al iniciar un estudio del microbioma. Cada método ofrece ventajas específicas en función del tipo de proyecto, la profundidad de análisis requerida y la pregunta científica que se quiere responder.

En Microomics, ayudamos a investigadores, laboratorios y equipos de I+D a seleccionar la tecnología ideal para obtener resultados fiables y accionables.

¿Qué es el Barcoding y para qué sirve?

El Barcoding (o metabarcoding) consiste en la secuenciación de regiones concretas del ADN para identificar microorganismos presentes en una muestra. Para bacterias, lo más común es utilizar el gen 16S, y para hongos las regiones 18S, ITS1/ITS2.

Ventajas del Barcoding

• Coste más reducido.
• Procesos más rápidos.
• Ideal para estudios exploratorios o primeras fases.
• Permite comparar perfiles microbianos entre muestras.

Limitaciones

• No aporta información funcional.
• Menor resolución taxonómica. Podemos asumir una resolución a nivel de género, siendo complicado llegar a nivel de especie. Esto dependerá de las regiones del amplificadas y del taxón en concreto.

Barcoding es la opción recomendada cuando la prioridad es conocer qué microorganismos hay y comparar abundancias.

¿Qué es la Metagenómica Shotgun?

La Shotgun Metagenomics secuencia todo el ADN presente en la muestra, ofreciendo una visión completa del microbioma. Incluye el análisis de todos los genes por lo que tendremos información funcional sobre la muestra.

Ventajas de la Shotgun

• Máxima resolución taxonómica.
• Acceso a genes, rutas metabólicas y funciones microbianas.
• Detección de resistencias antimicrobianas.
• Identificación de virus, arqueas y bacterias de baja abundancia.

Limitaciones

• Mayor coste.
• Requiere más profundidad de secuenciación y análisis.

Shotgun es ideal para estudios que buscan comprender qué microorganismos hay y qué están haciendo.

¿Qué opción elijo para mi proyecto?

Dependerá de:

• Tu pregunta científica.
• El nivel de detalle necesario.
• El presupuesto.
• La naturaleza de la muestra.
• El tipo de decisiones que deben tomarse con los resultados.

En Microomics, evaluamos cada caso y orientamos la selección de la tecnología más adecuada para garantizar la máxima calidad de los datos.

¿Quieres asesoramiento experto?

Si necesitas ayuda para definir tu diseño experimental o seleccionar la tecnología adecuada:

? Contáctanos directamente desde el apartado “Contacto”.

Estaremos encantados de ayudarte a diseñar un estudio robusto y adaptado a tus objetivos.

Accede a nuestro seminario sobre “Metabarcoding o shotgun. Elección de la tecnología en estudios de metagenómica​”. Revisaremos en detalle cada una de las técnicas, la teoría y la práctica además de repasar casos prácticos de aplicación con estudios publicados.

En un mundo en constante cambio, la innovación no es un lujo, es una necesidad. En Microomics, llevamos este principio en nuestro ADN. Nuestra misión es clara: aplicar la ciencia del microbioma para resolver problemas reales y construir un futuro más saludable y sostenible.

1. Innovación con propósito
   No innovamos por innovar. Cada avance, cada proyecto y cada análisis que realizamos tiene un objetivo: mejorar la salud humana, optimizar procesos en la industria y proteger el medio ambiente.
2. El equipo detrás de la ciencia
   Nuestro equipo combina experiencia científica, creatividad y un compromiso genuino por encontrar soluciones. Creemos que la curiosidad es el punto de partida de la innovación y que el trabajo colaborativo multiplica el impacto.
3. Proyectos que inspiran

• Análisis metagenómico para detectar contaminantes invisibles en ecosistemas acuáticos.
  
• Optimización de la producción agroalimentaria mediante el estudio del microbioma del suelo.
  
• Colaboraciones con centros de investigación para desarrollar terapias más precisas.

4. Mirando hacia el futuro
   La metagenómica es un campo en evolución constante. Nuestro compromiso es seguir a la vanguardia, explorando nuevas técnicas y aplicando los últimos avances para ofrecer soluciones que marquen la diferencia.

En Microomics, la innovación no es una opción, es nuestra forma de entender la ciencia. Si quieres conocer más sobre nuestros proyectos y propósito, contacta con nosotros.

Ya disponible el tercer seminario de Microomics:
«Metabarcoding o Shotgun: elección de la tecnología en estudios de metagenómica»

La serie de seminarios online impulsada por Microomics continúa con una sesión dedicada a comprender las diferencias entre los dos enfoques más utilizados en la secuenciación metagenómica: metabarcoding y shotgun.

¿Qué contiene esta sesión?

Dirigida a investigadores, técnicos de laboratorio y profesionales de bioinformática, esta formación profundiza en:

• Diferencias conceptuales y metodológicas.
  
• Cuándo elegir un enfoque u otro según la muestra y objetivos del estudio.
  
• Ventajas, limitaciones y casos de uso reales.
  
• Factores de coste y rendimiento. 

¿Por qué es importante esta elección?

Seleccionar la tecnología adecuada es clave para garantizar la fiabilidad de los resultados y optimizar los recursos en investigación.

¿Cómo verlo?

Puedes acceder a la grabación completa desde nuestra plataforma.
? Ver el seminario aquí

¿Qué sigue?

? La próxima cita: “Uso de bases de datos en metagenómica” → 11 de diciembre

¿Quieres seguir aprendiendo con Microomics?
Síguenos en LinkedIn o visita nuestra web para no perderte los próximos seminarios.

En Microomics, creemos que la diferencia no solo la marca la tecnología, sino también el equipo humano que hay detrás de cada análisis, cada informe y cada innovación.
Nuestro equipo multidisciplinar combina perfiles altamente especializados en biología, bioinformática, laboratorio, estrategia comercial y gestión de proyectos. Juntos, trabajamos con un propósito común: avanzar la ciencia del microbioma y ofrecer soluciones que impactan positivamente en la salud, la sostenibilidad y la investigación.

? Pepi Caro (Lab Manager)

Gestión, precisión y compromiso.
“Creo en un laboratorio donde el conocimiento se comparte y la calidad se demuestra en cada muestra.”

? Rosó Marès (Técnica de Laboratorio)

Rigor técnico y adaptabilidad.
“Cada muestra cuenta una historia, y mi trabajo es asegurar que se lea con claridad.”

? Marina Romero (Técnica de Laboratorio)

Ciencia aplicada y vocación investigadora.
“Me motiva aplicar la biología molecular para contribuir con soluciones significativas en proyectos que conectan ciencia y sostenibilidad.”

? Astrid Luna (Técnica de Laboratorio)

Conservación, genómica y propósito.
“Integro la genómica en el estudio de la biodiversidad para impulsar soluciones ambientales.”

? Miriam Navarro (Project Manager)

Coordinación con visión transversal y enfoque científico.
“Me impulsa garantizar que cada fase del proyecto avance con eficiencia y rigurosidad científica.”

? Elsa Mulero (Administration Manager)

Organización y visión interdisciplinar.
“Conectar áreas diversas es clave para que el trabajo fluya y se traduzca en impacto.”

Nuestro equipo sigue creciendo con nuevas incorporaciones que refuerzan la excelencia y diversidad de Microomics. Cada persona aporta una visión única que impulsa el avance de la metagenómica y el microbioma aplicado.

? Descubre más sobre nuestro equipo y contacta con nosotros.

La metagenómica es una herramienta clave para comprender la salud ambiental. En Microomics hemos desarrollado múltiples proyectos de análisis de microbioma en agua, suelo y aire, que no solo identifican problemas invisibles, sino que también ofrecen soluciones concretas para su mejora.

1. La importancia del microbioma en el medio ambiente
   El microbioma de un ecosistema es un indicador crítico de su estado de salud. Cambios en su composición pueden revelar contaminación, degradación del suelo o alteraciones en la calidad del aire. 
2. Proyectos destacados de Microomics

? Control y recuperación de aguas
En proyectos de vigilancia de ríos y embalses, hemos detectado microorganismos indicadores de contaminación y ayudado a implementar medidas para su recuperación.

? Salud del suelo agrícola
En colaboración con empresas del sector agroalimentario, analizamos suelos para detectar desequilibrios microbianos y proponer prácticas de manejo más sostenibles.

? Calidad del aire
Estudiamos comunidades microbianas presentes en el aire, tanto en entornos industriales como urbanos, para evaluar riesgos y proponer medidas preventivas.

3. Metodología Microomics 360º aplicada al medio ambiente

• Diseño experimental adaptado a cada ecosistema.
  
• Recogida de muestras siguiendo protocolos validados.
  
• Secuenciación masiva y análisis bioinformático avanzado.
  
• Interpretación de resultados con recomendaciones prácticas.

4. Impacto y beneficios
   Estos estudios permiten:

• Detectar contaminantes antes de que generen un impacto irreversible.
  
• Optimizar el manejo de recursos naturales.
  
• Garantizar entornos más saludables para personas, animales y plantas.

La metagenómica ambiental es una inversión directa en sostenibilidad. Si quieres saber cómo podemos ayudarte a cuidar el planeta desde el microbioma, escríbenos y hablamos.

Ya disponible el segundo seminario de Microomics:

«Preparación de librerías y controles»

La serie de seminarios online impulsada por Microomics continúa con una segunda sesión clave para quienes trabajan en análisis metagenómico: cómo preparar librerías y aplicar controles de calidad antes de la secuenciación.

¿Qué contiene esta sesión?

Este seminario está enfocado a investigadores, personal técnico de laboratorio y equipos científicos que necesitan conocer en profundidad las fases previas a la secuenciación masiva de ADN.

En esta formación práctica tratamos:

• Extracción de DNA.
• Escoger el tipo de librería.
• Flujo de preparación de librerías.
• QC pre y post-librería.
• Controles; tipos e interpretación.
• Secuenciación.

¿Por qué es importante esta etapa?

Una correcta preparación de librerías y el uso adecuado de controles pueden marcar la diferencia entre un estudio válido y uno que no se pueda interpretar con fiabilidad.
Este seminario te ayudará a mejorar la reproducibilidad de tus resultados y a minimizar el ruido técnico.

¿Cómo verlo?

Puedes acceder a la grabación completa desde nuestra plataforma.
? Ver el seminario aquí

¿Qué sigue?

Este seminario es el segundo de una serie continua de formación científica especializada.
? La próxima cita: “Metabarcoding o Shotgun. Elección de la tecnología en estudios de metagenómica​.” → 27 de noviembre

¿Quieres seguir aprendiendo con Microomics?
Síguenos en LinkedIn o visita nuestra web para no perderte los próximos seminarios.

El estudio del microbioma animal se ha convertido en un área clave de la investigación veterinaria y agroalimentaria. Comprender cómo influyen los microorganismos en la salud y la productividad permite desarrollar estrategias innovadoras y sostenibles. En Microomics aplicamos la metagenómica para aportar soluciones científicas y prácticas en este ámbito.

¿Qué es el microbioma animal?

El microbioma animal está formado por todas las comunidades de microorganismos que viven en el organismo (principalmente en el sistema digestivo) y en su entorno. Estos microorganismos desempeñan un papel esencial en:

• La digestión y absorción de nutrientes.
  
• El desarrollo del sistema inmunitario.
  
• La protección frente a patógenos.

Aplicaciones de la metagenómica en salud animal

La metagenómica permite analizar el material genético de estas comunidades sin necesidad de cultivarlas, lo que ofrece una visión más completa y precisa. Entre sus principales aplicaciones destacan:

1. Diagnóstico de desequilibrios digestivos que afectan a la salud y al rendimiento.
   
2. Optimización de piensos y formulaciones para mejorar la nutrición animal.
   
3. Control de patógenos y resistencias antimicrobianas en granjas y explotaciones. 

Diseño de estrategias preventivas basadas en datos reales para reforzar el bienestar y la productividad.

Metagenómica en proyectos de I+D veterinaria

En proyectos de investigación y desarrollo, la metagenómica es una herramienta fundamental para:

• Obtener información detallada sobre la microbiota animal.
  
• Evaluar el impacto de dietas y tratamientos.
  
• Desarrollar soluciones más seguras, eficaces y sostenibles para la producción animal.

El estudio del microbioma en salud animal abre nuevas oportunidades para mejorar la productividad, el bienestar y la sostenibilidad en el sector veterinario y agroalimentario.

? Si quieres saber cómo aplicar la metagenómica en tus proyectos, contáctanos.

El 5 y 6 de noviembre de 2025, Valencia acogerá la 12ª edición de Targeting Microbiota, uno de los congresos internacionales más importantes sobre microbiota y salud humana. Organizado por la International Society of Microbiota (ISM), reunirá a investigadores, clínicos e innovadores del sector para explorar los últimos avances científicos y aplicaciones terapéuticas del microbioma.

En Microomics, especialistas en análisis de microbioma y metagenómica, anunciamos con orgullo nuestra participación en este encuentro de referencia mundial.

Un encuentro clave para la ciencia del microbioma

Targeting Microbiota se ha consolidado como un foro imprescindible para comprender cómo el microbioma influye en procesos fisiológicos esenciales: desde el envejecimiento hasta la salud cardiovascular, la función neurológica o los resultados oncológicos.

La edición de 2025 pondrá especial foco en el eje intestino-cerebro-inmunidad, destacando el papel de los metabolitos microbianos (como butirato, GABA o precursores de serotonina) en la salud integral.

Avances terapéuticos en microbiota

El congreso presentará estrategias terapéuticas innovadoras como:

• Trasplante de microbiota fecal (FMT) en envejecimiento neurológico y oftalmológico.
  
• Ácidos grasos de cadena corta en desórdenes metabólicos y gastrointestinales.
  
• Probióticos dirigidos para el control de la inflamación sistémica.
  
• Protocolos de nutrición de precisión guiados por microbioma. 

Investigación en microbiomas no intestinales (oral, cutáneo, salival) como biomarcadores de envejecimiento y función inmune.

Microomics en Targeting Microbiota 2025

Nuestra participación en este congreso refuerza nuestro compromiso con la investigación científica de vanguardia y con la aplicación de la metagenómica para descubrir nuevas soluciones en salud humana.

Durante el evento, tendremos la oportunidad de:

• Conocer de primera mano los últimos avances en microbiota.
  
• Establecer conexiones con líderes internacionales en investigación y clínica.
  
• Reforzar nuestro papel como partner tecnológico en proyectos de I+D.

El Targeting Microbiota 2025 será una cita ineludible para todos los profesionales interesados en el papel del microbioma en la salud y la medicina del futuro. En Microomics, estamos encantados de formar parte de este encuentro y de seguir aportando valor desde nuestra experiencia en análisis metagenómico.

? Si quieres saber más sobre cómo trabajamos en Microomics, contáctanos a través de nuestro formulario.

Ya disponible el primer seminario de Microomics:

«Diseño experimental y recogida de muestras»

En Microomics lanzamos una nueva línea de seminarios online para impulsar la formación en metagenómica aplicada. Nuestro primer seminario ya está disponible para verlo en diferido desde nuestra plataforma.

¿Qué encontrarás en esta sesión?

Este seminario está especialmente diseñado para investigadores, profesionales de I+D y responsables de laboratorio que trabajan con estudios de microbioma en contextos agroalimentarios, clínicos, ambientales o industriales.

Durante la sesión abordamos:

✅ Cómo plantear un diseño experimental sólido desde el punto de vista microbioma.
✅ Recomendaciones para definir hipótesis, variables y grupos de comparación.
✅ Buenas prácticas en la recogida de muestras y cómo evitar errores comunes.
✅ Consejos prácticos para reducir sesgos y mejorar la calidad de los resultados.
✅ Casos reales y resolución de dudas frecuentes.

¿Por qué empezar por aquí?

El éxito de un análisis metagenómico depende en gran parte de cómo comienza:
el diseño experimental y la recogida de muestras representan una etapa clave.
Un error en esta fase puede comprometer el resto del análisis, por lo que invertir en formación y conocimiento es esencial.

¿Dónde verlo?

Puedes acceder a la grabación completa desde nuestra plataforma:
?https://attendee.gotowebinar.com/register/7477912071952994645
ID del seminario web: 383-524-619

¿Qué viene después?

Este seminario es el primero de una serie de sesiones prácticas y divulgativas que lanzaremos de forma continua.
? La próxima: Preparación de librerías y controles  → Semana del 13 de noviembre.

¿Quieres estar al día?
Síguenos en LinkedIn para no perderte los próximos seminarios.

En Microomics entendemos cada proyecto como una oportunidad para crecer.
Los desafíos técnicos, logísticos o experimentales no son un obstáculo, sino el motor que impulsa nuestra innovación y nos permite perfeccionar nuestros servicios de análisis metagenómico.

1. Los retos que nos hacen avanzar

A lo largo de los años, hemos afrontado proyectos con distintos grados de complejidad:

• Muestras multicéntricas de origen nacional e internacional.
  
• Estudios ambientales o clínicos con baja carga microbiana.
  
• Proyectos donde la conservación y transporte de las muestras representaban un verdadero desafío.

Enfrentarnos a estos retos ha fortalecido nuestra capacidad técnica y nos ha permitido optimizar nuestros protocolos de trabajo, evitando la contaminación cruzada y garantizando resultados fiables en cada análisis.

2. La respuesta: control, calidad y conocimiento

Como explica Miriam Navarro, Project Manager de Microomics, “incorporamos el servicio de laboratorio para poder ofrecer el servicio completo de análisis del microbioma y tener control sobre todas las fases, incorporando los controles de calidad necesarios para asegurar un resultado óptimo.”

Este enfoque integral —desde la recogida y preparación de muestras hasta la secuenciación y análisis bioinformático— es lo que diferencia nuestro modelo 360º y nos permite mantener los más altos estándares de calidad científica.

3. Innovación continua a partir de la experiencia

Cada reto técnico se transforma en una oportunidad de aprendizaje.
Las dificultades logísticas o analíticas nos han llevado a desarrollar nuevos servicios, implementar tecnologías más avanzadas y plantear incluso proyectos propios de I+D+i.

Así, la experiencia adquirida se convierte en conocimiento que impulsa el crecimiento de toda la compañía y refuerza nuestro compromiso con la ciencia aplicada.

4. Conclusión: convertir los desafíos en evolución

En Microomics, cada proyecto nos enseña algo nuevo.
Superar los retos más exigentes nos ha hecho más precisos, más eficientes y, sobre todo, más conscientes de la importancia de aplicar la ciencia con rigor y pasión.

? Si quieres saber cómo aplicamos la metagenómica para resolver desafíos científicos y técnicos, contacta con nosotros.